در مجتمع دینی‌فرهنگی منتظرالمهدی (عج) مسجد، حسینیه، مدرسه علمیه، کتابخانه و بنیاد نیکوکاری فعالیت دارند، کلنگش سال ۷۲ بر زمین خورده و ۴ سال بعدش هم گشایش یافته است.
نام مسجد را به‌دلیل رویکرد‌های علمی، امام‌محمدباقر (ع) گذاشتند. بعد از مسجد گوهرشاد، این دومین مسجد جامع مشهد است. جامع‌بودن و داشتن حوزه علمیه ، ویژگی‌های منحصر‌به‌فرد مسجد امام‌محمدباقر (ع) است.
میرزا علی‌اکبر نوقانی در کنار تدریس علوم دینی در مدرسه علمیه نواب، تغییرات بزرگی در حوزه علمیه مشهد رقم زد.
حاج آقا جعفری امام جماعت جوان مسجد حضرت زینب(س) است و رابطه‌ای دوستانه با جوان‌های محل دارد. او از بازی در زمین فوتبال تا درس در حوزه علمیه را تجربه کرده است.
میرزامحمد آقازاده خراسانی در دوران حضور در مشهد، باشکوه‌ترین درس خارج فقه و اصول روزگار خود را داشت و شاگردان زیادی تربیت کرد. آیت‌الله قمی در واکنش به شهادت ایشان گفت: «میرزا محمد آقازاده فقط آقای خراسان نبود؛ آقای کل ایران بود.»
حوزه علمیه حضرت زینب (س) با مدیریت زهراسادات حسینی نه‌تنها مرکزی برای آموزش قرآن و تربیت دینی، که پایگاهی برای فعالیت‌های فرهنگی و ورزشی است. در طول ۱۲ سال پانصدحافظ قرآن در این حوزه پرورش یافتند.
آیت‌الله سیدکاظم مرعشی و برادرشان و همچنین پدرشان آیت‌الله العظمی سیدمحمدرضا مرعشی و پدربزرگشان آیت‌الله سیداحمد مرعشی و جد بزرگشان آیت‌الله سیدعلی مرعشی وهمین‌طور تا هفت نسل اجدادشان مرجع بوده‌اند.