تاریخ جان گرفتن مشهد از یک باغ شروع می شود؛ باغی که پیکر مطهر حضرت رضا(ع) را در آن دفن می کنند تا پس از آن، خاک خراسان با عطری بهشتی در هم آمیزد. تاریخ نگاران وسعت باغ «حمیدبن قحطبه» را در حدود یک میل در یک میل نوشته اند که «عزیزالله عطاردی» آن را از «فلکه حضرت» امروز بزرگ تر توصیف می کند. پیکر حضرت در سردابی که درون همین باغ بوده است و دهانهاش را آب قنات سنابادتر میکرده، شسته می شود.
آن طور که منابع تاریخی می گویند، پس از دفن پیکر حضرت(ع)، صندوقی چوبی روی آن نصب می کنند که تاریخ دقیق آن مشخص نیست، اما قدیمی ترین نشانه را گویا محمدبن منور در کتاب «اسرارالتوحید » می آورد و می نویسد در قرن چهارم هجرى، طرفداران حکومت عباسى در رقابت با شیعه قصد داشته اند صندوقى بر گور هارو ن الرشید نصب کنند که قاضى صاعد، از فقیهان حنفى شهر نیشابور، مانع آنان می شود. این ماجرا روشن مى کند که قطعا در نیمه دوم قرن چهارم هجرى، صندوقى بر مرقد امام رضا(ع) نصب بوده است.
تاریخ نخستین گنبد ساخته شده بر مزار مطهر امام رضا(ع) را تا دوران عبدالله مأمون عقب می برد و می گوید پس از آن، در دوره دیلمیان نیز روی بقعه مطهر تعمیرهایی صورت می گیرد
در این میانه، نویسندگانی چون نگارنده کتاب «صورت الارض» در 331هجری قمری، ابن البشارمقدسی، جهانگردی که سال375هجری قمری به خراسان آمده است، ابوالفضل بیهقی در 450هجری قمری و مکتوبات مختلف به وجود بناهایی در اطراف بارگاه امام رضا(ع) اشاره می کنند، ولی نگارنده کتاب «الثاقب فى المناقب» که در حدود سال560هجری قمری تألیف شده است، در روایتی، از «انوشیروان زرتشتی اصفهانى» نامی یاد می کند که به بیمارى برص مبتلا بوده است اما پس از توسل به امام(ع) شفا می گیرد و اسلام می آورد و به مبارکی این اتفاق بر مرقد مطهر حضرتش، شبه صندوقی قرار می دهد که گویا آن را با صفحات نقره زینت کرده بوده اند.
علی اصغر سالاری در کتاب «تدوین سبک هنر و معماری حرم مطهر رضوی»، تاریخ نخستین گنبد ساخته شده بر مزار مطهر امام رضا(ع) را تا دوران عبدالله مأمون عقب می برد و می گوید پس از آن، در دوره دیلمیان نیز روی بقعه مطهر تعمیرهایی صورت می گیرد و تزیین هایی بر آن نقش می خورد. این پژوهشگر همچنین معتقد است که پایه های فعلی بقعه باقی مانده، همان بنای نخستین است که ابتدا شالوده اصلی آن را با گِل چینه ساخته بوده اند ولی در دوره های مختلف تاریخی مرمت شده و آذینش کرده اند.
این بنا در سال 390هجری قمری توسط سبکتگین تخریب شد اما 10 سال بعد، دوباره به دستور سلطان محمود غزنوی، سقف و ستون خورد. در «تاریخ بیهقی» درباره این اتفاق این طور آمده است: «سبکتکین غزنوی حرم مطهر را ویران کرد و زیارت آن را ممنوع ساخت، اما پسر او، یمین الدوله محمود، حرم را مرمت نمود و بارگاهی نیک بپرداخت.»
معمار حرم نیز گویا در این دوره، ابوبکر شهمرد است که بنای بقعه را بار دیگر روی بازمانده دیواره های گلین از آجر می سازد و مناره ای نیز بر آن می افزاید که این بنا هسته اصلی و نخستین حرم مطهر رضوی را تشکیل می دهد.
پس از وی، عمیدالدوله فایق، که بیهقی او را «خادم خاصه» می نامد، به تکمیل بقعه رضوی و آبادانی مشهد می پردازد. در منابع نام مباشر تعمیرات، «سوری بن معتز» ذکر شده است. سوای این ها ابوالحسن عراقی معروف به «دبیر» که از رجال دربار غزنوی بوده، در سال 425هجری قمری ضمن مرمت بقعه، اولین بنا را در مجاورت بارگاه می سازد و آن، مسجد معروف «بالاسر» است.
برابر اسناد و مکتوبات تاریخی، در زمان حکومت سلطان سنجر سلجوقی نیز ساختمان گنبد بالایی و تزیینات آن به دست،ابوطاهر قمی، حاکم وقت خراسان، با مصالحی از جمله گل ارمنی، آب، شیره انگور و پشم بز ساخته می شود.
در سده ششم هجری، ازاره گنبدخانه حرم را با کاشی های ممتاز زرین که به «کاشی سنجری» معروف است، زینت می دهد. این کاشی ها اکنون در حرم موجودند
در این باره در مکتوبات تاریخی چنین آمده است: « سلجوقیان در قرن های ششم و هفتم تعمیرات و خدمات زیادی در آنچه امروز روضه منوره نامیده می شود، انجام دادند. در این دوران فرامرزبن علی، پس از مرمت بنای حرم، گنبدی بر آن می سازد.»
در ادامه، امیر عمادالدوله، از دیگر شاهان سلجوقی، حرم را تعمیر می کند و ترکان زمردملک، دختر خواهر سلطا ن سنجر، در سده ششم هجری، ازاره گنبدخانه حرم را با کاشی های ممتاز زرین که به «کاشی سنجری» معروف است، زینت می دهد. این کاشی ها اکنون در حرم موجودند، ولی به دلیل جابه جایی، تاریخ دقیق ساخت آن ها روشن نیست.
اما قدیمی ترین کتیبه مسجلی که در ابنیه حرم رضوی باقی مانده است، متعلق به سال ۶۱۲ هجری قمری است که نشان می دهد در آن سال، یعنی آخرین سال های حکومت خوارزمشاهیان، بقعه مطهر و مسجد کوچک مشهور به «بالاسر»، جدا، مرمت و بهسازی شده است.
یکی از نفایس مربوط به سال مزبور، محرابی گران قدر است که در ضلع جنوبی بقعه مطهر نصب بوده و در قرن حاضر به موزه آستان قدس رضوی منتقل شده است.
دوران تیموریان از دوره های درخشان معماری حرم است. در این روزگار به دستور گوهرشادآغا، مسجد در سمت قبله حرم و صحن جنوبی آن ساخته می شود. سوای این، رواق دارالحفاظ و دارالسیاده، مدرسه پریزاد، مدرسه دودر و مدرسه سابق بالاسر که به ضلع غربی دارالسیاده وصل بوده اما اکنون جز رواق دارالولایه است، از مجموعه های اضافه شده بر بافت حرم مطهر رضوی در این دوره هستند.
سوای این شکوه جاری شده،گفتن از خدمات امیرعلیشیر نوایی نیز خالی از لطف نیست که صحن و ایوانی با نامش هنوز در حرم باقی است که در شمار پیکرههای نخستین حرم قرار دارد.