نامش متفاوت است و به همین خاطر چند روایت مختلف دربارهاش نقل میشود. برخی میگویند:، چون واقف زمین مسجد، بینی بزرگی داشته و به او «حسن فیل» میگفتند، این مسجد به نام «مسجد فیل» معروف شده است.
نقل دیگر این است که در گذشته بر روی زمین این مسجد کاروانسرایی در مسیر جاده ابریشم قرار داشته که فیلهای کاروانیان را در آن میبستند، از همین رو این مکان به «فیل» شهرت پیدا میکند و بعدها نیز که وقف مسجد میشود، همین نام بر رویش باقی میماند.
با این حال بعد از پیروزی انقلاب اسلامی، به دلیل آن که سیدمجتبی نواب صفوی در آن محل زندگی میکرد، نام خیابانی که مسجد فیل در آن واقع بود و همچنین نام مسجد به «شهید سیدمجتبی نواب صفوی» تغییر کرد، اما بعد از مدتی مسجد دوباره به نام قدیمیاش بر سر زبانها افتاد.
مسجد فیل که از دوره قاجاریه به جا مانده است، حدود سه هزار و ۲۰۰ متر زیر بنا و یک حیاط کوچک دارد. در صد و پنجاه سالی که از عمر مسجد میگذرد، تغییراتی از منظر معماری در آن ایجاد شده است که آخرینش به آتشسوزی ناشی از سیمکشی ضعیف سال ۱۳۸۴ برمیگردد. به علت هزینه زیاد تعمیرات، مدتی درِ مسجد بسته شد تا در نهایت بعد از گذشت ۳ سال به همت حجتالاسلام محمدحسین مصباح، مسجد در سال ۱۳۸۷ بازسازی و تعمیر شد.
مسجد فیل از جمله مساجد فعال مشهد در سال ۱۳۴۲ بود که بیشتر در مخالفت با ماجرای انجمنهای ایالتی و ولایتی و لوایح ششگانه به شهرت رسید و به عنوان نقطه عطف نهضت روحانیت مشهد بازتاب داشت.
این مسجد تاریخی، شاهد مجالس وعظ و خطابه روحانیان مبارز خراسان همچون شیخ احمد کافی و آیتالله سیدعلی خامنهای بود؛ اما مهمترین ویژگی مسجد فیل، گره خوردنش با ماجرای دستگیری شهید هاشمینژاد است.
ماجرا از این قرار است که در مراسم فاطمیه (مهر سال ۴۲) آقای سید عبدالکریم هاشمینژاد منبر رفته و در بیانات خود اشارتی به وقایع خونین ۱۵ خرداد و فاجعه مدرسه فیضیه قم کردند، مأموران مراتب را به ساواک اطلاع داده و بلافاصله مسجد فیل از طرف پلیس محاصره شد. مأموران انتظامی وارد مسجد شدند و آیتالله هاشمینژاد را دستگیر کردند. اقدام مأموران دولتی، مورد اعتراض و مقاومت شدید مردم قرار گرفت و در همان شب، مردم و پلیس درگیر و دو نفر بر اثر تیراندازی کشته و حدود ۱۵ نفر مجروح شدند.
حادثه «مسجد فیل» از جمله حوادث مهم انقلاب اسلامی در مشهد است که پس از قیام ۱۵ خرداد و مهاجرت علما به تهران اتفاق افتاد و باعث شد خون انقلاب دوباره در رگهای شهر جان بگیرد.
مسجد فیل در محله پایین خیابان مشهد و بعد از مدرسه علمیه عباسقلیخان و حدود ۲۰۰ متر قبل از پنجراه پایین خیابان قرار دارد. نام «مسجد فیل» بر روی تابلو سبزرنگی نقش بسته و در چوبی قهوهای رنگش که حالا گذر زمان آن را کمی از چهارچوب اصلی خود جدا کرده نشان از عمر رفته و تاریخ پر فراز و نشیبش دارد.