آیتالله سید جواد خامنهای یکی از بزرگان مکتب علمی خراسان است که سالها در شهر مشهد زیسته است. نسب آیتالله سید جواد حسینی خامنهای به سادات افطسی میرساند. شجره وی به سلطان العلماء احمد، معروف به سلطان سید احمد میرسد که با پنج واسطه، از نوادگان امام زین العابدین علی بن حسین (ع) است: سلطان سید احمد فرزند میر سید محمد مداینی فرزند حسن فرزند حسین فرزند حسن افطس فرزند علی اصغر فرزند امام زین العابدین (ع).
خاندان حسینی خامنهای در اجداد دور با میرزا ابوالقاسم قائم مقام فراهانی اشتراک نسب داشت، جد امجدش سید محمد حسینی تفرشی خامنهای تبریزی است که در حدود ۱۲۶۰ ق در خامنه به دنیا آمد. در منابع از علت هجرت سید محمد از مناطق مرکزی ایران به آذربایجان سختی نرفته است. سید محمد فرزند سید محمد تقی فرزند میرزا علی اکبر فرزند سید فخر الدین تفرشی است. سید فخر الدین مشهور به میرفخرا است و منتسبین به او به میرفخرایی معروفند.
پدرش سید حسین خامنهای حدود ۱۲۵۹ هجری قمری در خامنه به دنیا آمد دوران کودکی را در خامنه گذراند و برای تحصیل راهی تبریز شد. شهر تبریز در آن دوره شاهد حضور فقهایی از شاگردان شیخ محمد حسن نجفی اصفهانی مشهور به صاحب جواهر و شیخ مرتضی شوشتری انصاری بود. پس از کسب علوم مقدماتی، در حدود ۱۲۹۰ ق برای تکمیل تحصیلات خود به نجف اشرف رفت. او فقه و اصول را نزد علمایی چون سید حسین کوه کمره ای، فاضل شربیانی، میرزا محمدحسن شیرازی و ملا محمد فاضل ایروانی آموخت و علوم معقول را نزد فیلسوفی نامی آن زمان، میرزا باقر شکی، فراگرفت.
آیتالله سید حسین خامنهای دارای هفت فرزند بود که یکی از آنان سید محمد، معروف به پیغمبر، و دیگری سید جواد، پدر آیتالله سید علی خامنهای است. فرزند دیگر او میرمهدی نام داشت. سید محمد خامنهای مشهور به پیغمبر، برادری ناتنی آیتالله سید جواد خامنه ای، از شاگردان آخوند خراسانی، شریعت اصفهانی و دیگر بزرگان نجف بود، و فردی آگاه به مسائل زمان و از رجال طرفدار مشروطه به شمار میرفت.
میرمهدی برادر کوچک سید محمد پیغمبر بعدها با تغییر نام خانوادگی به میرمهدی مجتهدزاده معروف شد. میر مهدی مجتهدزاده چهار پسر داشت؛ سید حسین، سید مصطفی، سید مجتبی و سید مرتضی. سید مرتضی مجتهدزاده، پسر عموی آیتالله سید علی خامنه ای، در قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲ به شهادت رسید. میر مهدی مجتهدزاده نیز در همین سال دارفانی را وداع گفت و در جوار مرقد امام رضا(ع) دفن گردید.
آیتالله حاج سید جواد خامنهای در ۴ جمادی الثانی ۱۳۱۳ هجری قمری (۱ آذر ۱۲۷۴) در نجف اشرف به دنیا آمد
آیتالله حاج سید جواد خامنهای در ۴ جمادی الثانی ۱۳۱۳ هجری قمری (۱ آذر ۱۲۷۴) در نجف اشرف به دنیا آمد. دو سه ساله بود که در بازگشت خانواده به آذربایجان، به تبریز آمد.
دوران نوجوانی را در جریان رخدادهای نهضت مشروطه گذراند. جنگهای محله امیرخیز، شهادت ثقة الاسلام و جنازه به دار کشیده او در روز عاشورا، سخنرانیهای پرشور و بلند شوهر خواهر خود، شیخ محمد خیابانی را که گاه تا چهار ساعت ادامه مییافت، از نزدیک دید. با درگذشت پدر دورهای را با درد یتیمی سپری کرد.
حاج سید جواد آموزشهای مرسوم مکتبخانهها را در مدرسههای آن زمان تبریز فرا گرفت. وی تحصیلات دینی خود را در شهر تبریز و در جوار پدر بزرگوارش آغاز کرد. او پس از تحصیل مقدمات و چند سال بعد از فوت پدرش، در ۱۳۳٣ ق یعنی در ۲٠ سالگی راهی مشهد مقدس شد.
حدود ٩ ماه در مشهد توقف کرد و با این قصد که از مادرش اجازه اقامت طولانی در مشهد بگیرد و تحصیلات علوم دینی را آنجا ادامه دهد، به تبریز بازگشت. وقتی رسید، مادر از دنیا رفته بود. اندوه در گذشت مادر، بر شمار غمهای نهفته در دل او افزود و برایش گران آمد. اگر فراق پدر در دنیای کودکی او هضم شد، نبود مادر، جهان جوانی او را سخت اندوهگین کرد.
از این رو یک سال بعد از فوت مادر ، همراه همسر خود عازم مشهد شد.وی در مشهد نزد آقایان حاج سید حسین قمی، میرزا محمد آقازاده ، حاج فاضل خراسانی و میرزا مهدی اصفهانی تلمذ کرد و در فلسفه از محضر آقابزرگ حکیم شهیدی و شیخ اسدا... یزدی بهره مند گردید.
بعد از گذشت نه سال، سال ۱۳۴۵ قمری و در سن سی و دو سالگی به نجف میروند و تا اواخر سال ۱۳۵٠ قمری، آنجا میمانند. در این مدت، از درس میرزای نائینی و سید ابوالحسن اصفهانی و محمد حسین غروی اصفهانی (کمپانی) و آقا ضیاء عراقی بهره میبرند و از همه این بزرگان، اجازه اجتهاد میگیرند. سپس به مشهد برگشته و مشغول تدریس میشوند.
سید جواد خامنهای در آستانه چهارمین دهه زندگی خود و پس از ۶ سال اقامت تحصیلی در نجف، حدود ۱۳۱۱ در بازگشت به ایران و در مسیر بازگشت به سوی مشهد بود که با ضایعه مرگ همسر روبرو شد. پس از دوره نوجوانی که با فقدان پدر و مادر توأم شد، این سومین تجربه تلخ تنهایی سید جواد بود.
او از همسرش سه فرزند دختر به یادگار داشت: علویه، بتول و فاطمه سلطان. در مشهد برای دومین بار ازدواج کرد و بانو خدیجه میردامادی دختر آیتا... حاج سید هاشم نجف آبادی میردامادی عالم مشهور مشهد را به همسری گرفت.
او از ازدواج اولش سه دختر دارد. پس از درگذشت همسر اولش با خدیجه میردامادی، دختر هاشم میردامادی نجف آبادی ازدواج کرد که از این ازدواج دارای ۴ پسر (سید محمد، سید علی، سید هادی و سید حسن) و یک دختر (بدری، همسر شیخ علی تهرانی) شد.
وی از بانو خدیجه میردامادی دارای چهار پسر و یک دختر شد. سید محمد، سید على، رباب سادات، سید هادی و سید محمد حسن. دو فرزند پسر او نیز عمری به دنیا نداشته اند؛ سیدرضا نخستین فرزند پس از دو سال ره به آخرت گشود و باز سیدرضا دومین پسر پس از چند هفته جهان گذرنده را بدرود گفت.
آیتالله سید جواد خامنهای پس از مراجعت از نجف به مشهد، به عنوان یک مجتهدی عالمی صاحب نظر به تشکیل حوزه تدریس اقدام نکرد ولی شاگردان خصوصی و گاه موقت داشت که غیر از فرزندان میتوان از حاج میرزا نصرالله شبستری از روحانیان تبریز، و حاج میرزا حسین آبادی از علمای مشهد یاد کرد.
آیتالله سید جواد خامنهای در مشهد، علاوه بر تدریس، در دو مسجد امام جماعت بودند: مسجد صدیقیها و مسجدگوهرشاد.
برنامه حاج سید جواد آقا، تا سالهای متمادی این چنین بود که هر روز پیش از نماز صبح، به حرم مطهر امام رضا مشرف شوند و پس از زیارت، برای اقامه نماز صبح، به یکی از شبستانهای مسجد گوهرشاد بروند.
همچنین نماز ظهر و عصر و نماز مغرب و عشا را نیز در مسجد صدیقیها در بازار بزرگ (فرش فروشها) - که به مسجد ترکها معروف بود - اقامه میکرد. حاج سید جواد حدود چهل سال در مسجد صدیقیها نماز خواند، تا این که این مسجد در طرح توسعه حرم رضوی قرار گرفت، و تغییر مکان و تجدید بنا داد.
وی که تحریمهای رضاخان را چشیده بود، یک لحظه هم برای آنها مفید واقع نشد؛ هرگز در جلسهای عمومی و در هیچ دعوت خصوصی ایشان شرکت نکرد
او در ماههای مبارک رمضان پس از اقامه نماز منبر میرفت برای نمازگزاران سخن میراند. این سخنرانیها جنبه اخلاقی داشت. آیتالله سید جواد خامنهای سالهای مدید نیز پس از نماز مغرب و عشاء در بالای منبر معارف دین را برای حاضران تبیین میکرد و مباحث توحید و معاد را از کتاب مورد علاقه اش کفایةالموحدین برای حاضران بیان مینمود.
رهبر معظم انقلاب درباره پدرشان آیتالله سید جواد خامنهای میگویند: «ایشان را نمیتوان مرد سیاست و مبارزه به مفهومی که امروز تصور میشود نامید و او هم ادعای آن را بر زبان نراند. با وجود این، فاصله خود را با عوامل حکومتی حفظ کرد و روی خوش به رژیم پهلوی نشان نداد.
چرا که ایشان دیدشان مثل اغلب علمای شیعه امامیه، دید بغض و نفرت نسبت به حاکمان طاغوت بود. وی که دوران پهلوی و تحریمهای رضاخان را چشیده بود، یک لحظه هم برای آنها مفید واقع نشد؛ هرگز در جلسهای عمومی و در هیچ دعوت خصوصی ایشان شرکت نکرد. هر سال بسیاری از علمای مشهد در مراسم صحن موزه آستان قدس رضوی که در سالن تشریفات امروزی برگزار میشد، حضور داشتند، اما سید جواد و یکی دو سه عالم دیگر هرگز در این مراسم شرکت نکردند.»
حاج سید جواد، امام خمینی را از نزدیک دیده و با ایشان آشنا شده بود و میتوان گفت با حاج آقا روح الله رفاقت داشت.
آشنایی آنها احتمالا در اوایل دهه ۴۰ قمری - یعنی پیش از سفر علمی حاج سید جواد - به نجف میرسد. امام خمینی در یکی از سفرهای زیارتی خود به مشهد، میهمان حاج شیخ علی اکبر نوغانی بود. آقای نوغانی مقدمات دیدار آن دو را فراهم کرد و حاج سید جواد به همراه حاج سید هاشم پدرزن خود به دیدن حاج آقا روحالله رفتند.
امام خمینی نامهای از میرزا ابوالفضل نجم آبادی از علمای تهران و دوستان صمیمی و نزدیک حاج سید جواد همراه داشت و آقای نجم آبادی در مراسله خود از حاج آقا روح الله تاکید کرده بود. جذابیت منش متانت و ثروت امام خمینی همواره در یاد و زمینه حاج سید جواد خامنهای باقی بود و از آن یاد میکرد.
با آغاز نهضت امام خمینی و ورود پسران حاج سید جواد به صحنه مبارزه با حکومت پهلوی، خانواده ایشان در مشهد تحت مراقبت و فشار قرار گرفت. حضور گاه و بی گاه مأموران امنیتی در محیط خانه برای دستگیری فرزندان یا به دلیل پناه دادن به روحانیان سیاسی فراری از دیگر شهرها، فعالیتهای پنهانی در نشر کتاب و اعلامیههای ضد حکومتی بود، و همیشه با صبر و حوصله و همراهی آیتا... حاج سید جواد خامنهای روبرو میشد.
پس از تبعید امام خمینی در ۱۳۴۳ خورشیدی به ترکیه، اقامه نماز جماعت را برای مدتی تعطیل کرد و به مسجد نرفت
در اعلامیههایی که دراوایل دهه چهل، علمای مشهد علیه دستگاه حکومتی امضا میکردند، نام وی نیز دیده میشد. پس از تبعید امام خمینی در ۱۳۴۳ خورشیدی به ترکیه، اقامه نماز جماعت را برای مدتی تعطیل کرد و به مسجد نرفت. این مبارزه منفی، به آگاهی مردم از رخدادهای سیاسی میانجامید. تعطیلی نماز در مسجد صدیقیها چه بسا بیش از برخی از اعتراضات دیگر مؤثر افتاد.
زمانی که رهبر معظم انقلاب در سال ۱۳۴۳ خورشیدی در قم مشغول تحصیل بودند، از مکاتباتی که با پدر داشتند، متوجه میشوند، یک چشم پدر به علت «آب مروارید» نابینا شده است؛ لذا پس از آگاهی از این خبر، تحصیل در قم را رها کرده و برای مراقبت از پدر به مشهد باز میگردند.
در خاطرات رهبری نقل شده است: «به مشهد رفتم و خدای متعال توفیقات زیادی به ما داد. به هر حال به دنبال کار و وظیفه خود رفتم. اگر بنده در زندگی توفیقی داشتم، اعتقادم این است که ناشی از همان بری «نیکی» است که به پدر، بلکه به پدر و مادر انجام داده ام »
او پس از ۹۳ سال زندگی در ۲۷ شوال ۱۴۰۶ برابر با ۱۴ تیر ۱۳۶۵ درگذشت.
نخستین ساعات بامداد روز ۱۵ تیر ۱۳۶۵، دهها تن از مردم، جلوی مسجد امام حسن مجتبی (ع) تجمع کردند تا پیکر ایشان را به سمت حرم تشییع کنند. این همان مسجدی است که در سالیان ممنوعیت اقامه جماعت توسط آیتا... سید علی خامنه ای، پشت سر آیتا... سید جواد خامنهای نماز میخواندند و در دهه پنجاه شمسی، بسیاری از جوانان و مردم در آنجا پای درس سیدعلی خامنهای مینشستند.