سبک جلسه به این صورت بود که فردی متن خاصی را برای همه می‌خواند و بقیه افراد درباره این متن به بحث و گفت‌وگو می‌پرداختند. محوریت مباحث مطرح‌شده نیز بر اساس کتاب‌هایی نظیر جواهرالکلام، حدائق‌الناظره، مدارک‌الاحکام، شرایع‌الاسلام و مستندالشیعه بود. اگر وقتی باقی می‌ماند حضار به بررسی تحولات و اتفاقات روز نیز اشاره می‌کردند. این جلسه علمی تا زمان حیات همه شرکت‌کنندگان آن ادامه داشت.
برادر بزرگترم برایم تعریف می‌کرد که وقتی رهبری به دنیا آمدند پدرم با مرحوم آیت الله خامنه‌ای در بالاخیابان روبه رو شدند. ایشان به پدرم گفتند: خداوند به من پسری عطا کرده است که اسمش را «علی» گذاشتم. پس از آن پدرم را به منزل آیت‌الله سید هاشم میردامادی، پدربزرگ رهبری، دعوت کردند تا در گوش فرزند نورسیده‌شان اذان و اقامه بگویند.
پدرم، آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای، در زندگی بسیار منظم و مرتب بودند. غذایشان بسیار ساده و اندک بود. انسانی بسیار زاهد و بسیار بی‌اعتنا به مسائل دنیوی بودند. در زندگی غالب علما و شخصیت‌های روحانی به‌خصوص در میان قدما حدی از زندگی تعریف داشت، اما ایشان از آن حد تعریف شده زندگی نیز پایین‌تر بود. بزرگ‌تر که شدیم گاهی پیشنهاد می‌کردیم که اگر اجازه بدهید برخی امکانات رفاهی را برایتان فراهم کنیم، ایشان موافقت نمی‌کردند.
مرحوم آیت‌الله نائینی(ره) همچون مؤسس حوزه علمیه قم، آیت‌الله حاج شیخ عبدالکریم حائری که او نیز متوفای ۱۳۵۵ق، است از مهم‌ترین چهره‌های علمی و در زمره علمای تراز اول شیعه در عصر خود بود. ایشان فردی است که برای آیت‌الله حاج سید جواد خامنه‌ای (ره) «اجازه اجتهاد» و «اجازه روایت» صادر کردند.
آیت‌الله سید جواد خامنه‌ای در مشهد، علاوه بر تدریس، در دو مسجد امام جماعت بودند: مسجد صدیقی‌ها و مسجدگوهرشاد.
برنامه حاج سید جواد آقا، تا سال‌های متمادی این چنین بود که هر روز پیش از نماز صبح، به حرم مطهر امام رضا مشرف شوند و پس از زیارت، برای اقامه نماز صبح، به یکی از شبستان‌های مسجد گوهرشاد بروند. همچنین نماز ظهر و عصر و نماز مغرب و عشا را نیز در مسجد صدیقی‌ها در بازار بزرگ (فرش فروش‌ها) - که به مسجد ترک‌ها معروف بود - اقامه می‌کرد.
در همه روزهایی که به نزد دایی‌ام به سرای «سیگاری» می‌رفتم، برای ادای نماز ظهر و عصر به مسجد ترک‌ها (آذربایجانی‌ها) می‌رفتیم و به نماز جماعت که به امامت حضرت آیت‌الله سیدجواد خامنه‌ای اقامه می‌شد اقتدا می‌کردیم. آن سال‌ها شبستان، به اصطلاح پُر می‌شد و حتی گاهی صف جماعت در حیاط مسجد منعقد می‌شد. تمامی تجار سرای «سیگاری» و سرای «محمدیه» به اضافه کارمندانشان و کسبه آن بازار در آن نماز جماعت شرکت می‌کردند.
در گذر سال‌ها شاید دیگر برخی از آن کوچه‌ها وجود خارجی ندارند، اما قدیمی‌ها هنوز هم آن‌ها را به‌یاد دارند و از خاطراتش تعریف می‌کنند. یکی از این کوچه‌ها، کوچه «پرکنده» واقع در امام‌خمینی17 بوده است که در 20متری ابتدای آن سمت چپ قرار داشت و مسیری برای رسیدن به عدلیه (دادگستری) بود که اکنون تعداد انگشت‌شماری از مشهدی‌ها آن را به‌خاطر دارند.